ﻻ يؤثر الفلورايد على الأسنان فحسب، وإنما أيضا يؤثر على العديد من الأنسجة والأعضاء الجسدية. فبناء على ما ذكرته مراجعة علمية، تبين أنه يسبب مشاكل صحية متعددة، منها تعطيل عمل الغدد الصماء ، التأثير على العظام ، الدماغ والغدة الدرقية ومستويات السكر بالدم وغير ذلك. كما وقامت ما يزيد عن 30 دراسة على البشر وما يزيد عن 100 دراسة على الحيوانات بالربط بين الفلورايد وتلف الدماغ، ومن ذلك نقص مستويات الذكاء IQ لدى الأطفال. علاوة على ذلك، فقد وجدت دراسات أن التعرض لتسمم الفلورايد قد يسبب مشاكل صحية عديدة، منها زيادة امتصاص الرصاص وانخفاض نشاط الغدة الدرقية والتهاب المفاصل وسرطان العظام وزيادة معدلات الإصابة بالسرطان بشكل عام والإصابة باضطراب خلل الانتباه وفرط الحركة وتعطل جهاز المناعة وتثبيط تشكله، وذلك فضلا عن العقم لدى الرجال. وهذا كله، بالطبع، عند ابتلاع الفلورايد وليس عند استخدامه موضعياً في معجون الأسنان. لكن هناك من رفض نتائج الدراسات المذكورة لعدة أسباب، منها أن من شاركوا بها قد تعرضوا لمستويات من الفلورايد تزيد عن تلك المسموح بها.