السبب هو أن هذا الاتحاد الذي كان يسمى سابقا بمنظمة الوحدة الإفريقية، اعترف بالجمهزرية المزعومة البوليزيرو،، و على اثر هذاوالاعتراف سنة 1984 قرر المغرب الانسحاب من هذه المنظمة،، و لكن العاهل المغربي تقدم بطلب رسمي الى قمة الاتحاد الافريقي للعودة الى حضن اسرته المؤسسية .
و قد قال الملك في رسالة موجه للإتحاد:
" «من المؤلم أن يتقبل الشعب المغربي الاعتراف بدولة وهمية ممثلة لإقليم الصحراء، كما أنه من الصعب أيضًا القبول بمقارنة المملكة بكيان يفتقد لأبسط مقومات السيادة، وهذا دفع المغرب؛ تفاديًا للتجزئة والانقسام، إلى اتخاذ قرار مؤلم، يتمثل في الانسحاب من أسرته المؤسسية».