فجّر كتاب «رحلتي من الشك إلى الإيمان» للدكتور مصطفى محمود، قنبلة فكرية ودينية، أثارت زوبعة معه وضده. وكان التقديم لهذه الرحلة الفكرية الجريئة، على أنه كتاب يدعو إلى «البعد عن السفسطة والعودة بالإيمان إلى الفطرة»، والتي شبهها محمود بـ«البوصلة التي تتجه تلقائياً في اتجاه الله». وكانت افتتاحية الكتاب «قنبلة مدوية»، إذ بدأها الكاتب بقوله: «تقولون إن الله خلق الدنيا، لأنه لا بد لكل مخلوق من خالق، ولا بد لكل صنعة من صانع، ولا بد لكل وجود من موجد. صدّقنا وآمنا، فلتقولوا لي إذاً من خلق الله؟ أم أنه جاء بذاته، فإذا كان جاء بذاته وصح في تصوركم أن يتم هذا الأمر فلماذا لا يصح في تصوركم أيضاً أن الدنيا جاءت بذاتها بلا خالق، وينتهي الإشكال»؟ ووُصم مصطفى بـ«الإلحاد»، حتى مع مناداته بأن رحلته الشكية ما هي إلا «تأمل في دنيا الله»، ليستغرق منه ثلاثة عقود من القراءة والبحث وإعادة النظر، ليصل إلى «قطع الطريق الشائكة من الله والإنسان إلى لغز الحياة، إلى لغز الموت، إلى ما أكتب اليوم من كلمات على درب اليقين». واعتبرت قضيته بمثابة «كفر»، وتم تقديمه للمحاكمة بناء على طلب الرئيس المصري الراحل جمال عبدالناصر، بعد تصريح من مشيخة الأزهر، ونشره مقالات عدة تبعها بكتاب «الله والإنسان». واكتفت المحكمة بمصادرة الكتاب. إلا أن الآية انقلبت في عهد السادات الذي عبّر عن إعجابه بما كتب الدكتور مصطفى محمود، وطلب منه طبعة أخرى، واستبدله بكتاب «حوار مع صديقي الملحد».