بداية إذا كان الوباء منتشرا فتشخيص المرض يكون ميسورا وسهلا، وتعامل كل حالة إسهال أو قيء على أنها حالة إصابة بالكوليرا حتى يثبت العكس.
لكن إذا وجدت حالات نادرة يلجأ الأطباء إلى مقارنات بكتريولوجية،إذ يمكن عزل بكتيريا الكوليرا وفحصها تحت المجهر،ويمكن أخذ عينة من براز المريض وزرعها، حيث تظهر النتيجة بعد حوالي24 ساعة،ويتم تأكيد التشخيص إذا وجد ميكروب الكوليرا في البراز أو القيء.