مناخ اليابان غالبًا ما يكون معتدلا، لكنه يختلف بشكل كبير من الشمال إلى الجنوب، يقسم التوزيع الجغرافي إلى ست مناطق مناخية رئيسية: هوكايدو وبحر سيتو الداخلي وبحر اليابان وأواسط المرتفعات والمحيط الهادئ وجزر ريوكيو. تتميز جزيرة هوكايدو (منطقة الشمال) بمناخ رطب مع أشتية باردة وطويلة جدًا، وأصياف تتراوح بين باردة وحارة. الهطول ليس غزيرًا، لكن عادة تظهر منحدرات ثلجية كثيفة في الجزر أثناء الشتاء
يسبب الشتاء تساقطات ثلجية غزيرة في جزيرة هونشو بمنطقة بحر اليابان، وتكون المنطقة في الصيف أبرد من منطقة المحيط الهادئ، لكنها تواجه أحيانًا حرارة شديدة بسبب رياح فون. لأواسط المرتفعات مناخ داخلي رطب مع حرارة تتغير بين الصيف والشتاء والليل والنهار، والهطول بها خفيف. تحمي جبال منطقتيشيكوكو وتشوغوكو بحرَ سيتو الداخلي من الرياح الموسمية مما يعطي جوًا معتدلا على مدار السنة
يمتاز ساحل المحيط الهادئ بمناخ رطب شبه مداري يوفر أشتية معتدلة الحرارة بالإضافة إلى تساقط الثلوج في بعض الأحيان، وأصيافًا رطبة نتيجةً للرياح الموسمية التي تأتي من الجنوب الشرقي. لجزر ريوكيو مناخ شبه استوائي وأشتية دافئة وأصياف حارة، الهطول غزير جدًا خاصة أثناء موسم الأمطار. يعرض الجو المناخي الرطب تغيرات متنوعة ملحوظة مثل الإزهار في الربيع وصيحات حشرة الزيز وسقوط الأشجار، هذه كلها مشهورة في الفن والأدب اليابانِيَين.
يبلغ متوسط درجة الحرارة في فصل الشتاء في اليابان هو 5.1 سيلسيوس، ومتوسطها في الصيف يبلغ 25.2 سيلسيوس، أعلى درجة سُجِّلت في اليابان هي 40.9 سيلسيوس بتاريخ 16 أغسطس 2007.يبدأ الموسم المطير الرئيسي في شرق آسيا في أوائل شهر ماي في أوكيناوا وتتحرك تدريجيًا في اتجاه الشمال حتى تصل إلى هوكايدو في أواخر يوليو، وفي غالبية هونشو يبدأ الموسم المطير قبل أواسط يونيو ويدوم لقرابة ستة أسابيع، يجلب إعصار تيفون معه أمطارًا غزيرة وذلك في أواخر الصيف وأوائل الخريف.