لعديد من الأسباب:
أ- تكتسب البيكتريا مناعة ضد المضاد الحيوي إذا تم إستخدامه بصورة خاطئة ، أو لكورس علاجي غير كامل.
ب- أهدانا العلماء المئات من أصناف المضادات الحيوية التي تنتمي ككل إلى ما يقارب 20 مجموعة بداية بالبنسلينيات مرورا بالسيفالوسبورينيات والكوينولونيات وغيرهم، فتجد بعض البكتيريا قد تكون حساسة لمضادات حيوية بعينها وليست حساسة لمضادات حيوية أخرى.
ج- ربما يكون المرض فيروسي ولا جدوى من المضادات الحيوية في علاجه، فالمضادات الحيوية لا تعمل ضد الفيروسات إنما تعمل ضد البيكتريا، ولا يوجد غير مضاد فيروسي واحد يؤخذ فقط في حالات معينة
د- مما بات لا شك فيه علميا أن الكثير من المضادات الحيوية تضعف المناعة الطبيعية للجسم ، حيث يظهر قلة خلايا الدم البيضاء بعد الإستمرار عليها لفترة من الزمن.
ه - إستخدام المضاد الحيوي بشكل خاطئ يقضي على البيكتريا المفيدة (Natural flora) في أجسامنا.